Devlet otoritesini sağlamak için iş başına getirilen Kuyucu Murad Paşa (1606-1611), Anadolu’da Celâlî ayaklanmalarının bastırılmasına çalıştı. 100.000’i aşkın Celâlî öldürüldü. Devlet otoritesini sağlamaya yönelik bu dönem geçici oldu. Murad Paşa’nın ölümünden sonra isyanlar daha şiddetli bir şekilde tekrar ortaya çıktı.
Sultan II. Osman (Genç Osman, 1618-1622), Hotin Seferi dönüşü, İstanbul’da içki yasağı koydu, meyhaneleri kapattı. Suçluları küreğe mahkûm etti. Şeyhülislâm Esat Efendi’nin kızı ile nikâhla evlendi. Devlet işlerine sık sık karışan ilmiye sınıfının nüfuzunu kırdı. Kadı ve müderris tayinlerini Şeyhülislâm’ın elinden aldı. Bunların tahsisatını kıstı. Asker ocağının defterlerini kontrol ettirdi. Ocaklara kayıtlı olup da bulunmayanların tahsisatlarını kestirdi. Yeniçeri ve Sipahi Ocaklarının artık devlete bir yük olduğu kanaatine varan Genç Osman Anadolu’ya geçip kuvvet toplayarak bunları ortadan kaldırmak istedi. Ancak fikirlerini yakınlarına açması kendi felâketi oldu. 1622 yılında tahttan indirilerek öldürüldü.
1623-1640 yıllarında hükümdarlık yapan IV. Murad, ancak 1634 yılından sonra gerçek iktidar ele geçirebildi. Bu tarihte Sinan Paşa Köşkü’nde bir ayak dîvanı toplayarak Yeniçeri ve Bölük Ağaları’nın kendisine itaat edeceklerine dair yemin ettirdi. Daha sonra saltanatının ilk yılarlında çıkan isyanda Veziriâzam’ı Hafız Ahmed Paşa’nın ölümünden sorumlu tuttuğu Sadrazamı Topal Recep Paşa’yı idam ettirdi. Gene isyancılarla işbirliği yaptığı gereçesiyle Osmanlı tarihinde ilk defa olarak devrin Şeyhülislâmını da idam ettirdi. Meyhane ve kahvehaneli kapattırdı. Tütün ve içki yasağı koydu. Uymayanları ve şüpheli kişileri merhametsizce ortadan kaldırdı. Daha sonra Anadolu ve Rumeli tımarlı sipahilerinin yoklamasını yaptırarak tımarların gerçek sahiplerine, sipahi çocuklarına verilmesini sağladı. Daha geniş ıslahat yapılması gerekliliğine inanan IV. Murad devlet ileri gelenlerinden rapor istedi. Bu raporlar içinde bilhassa Koçi Bey’in hazırladığı rapor (Koçi Bey Risalesi) oldukça önemlidir.
Deli İbrahim’den sonra Venedik Savaşları sırasında Sadrazamlığa getirilen Tarhuncu Ahmed Pala (1651) maliyede yapmak istediği ıslahatla tanınır. Osmanlı tarihinde ilk defa bütçe tanzim eden ve bütçeyi denkleştirmeye çalışan Tarhuncu Ahmed Paşa’dır. Ancak ulema, ocak ve saraydaki kadro fazlası olarak bulunan ve havadan geçinen düşmanlarının çabaları sonucu idam olundu.
Valide Turhan Sultan devleti kurtarabilmek amacıyla bir Sadrazam aramakta idi. Saray mimarlarından Kasım Ağa’nın tavsiyesi üzerine Köprülü Mehmed Paşa’ya Sadrazamlık teklif etti. Köprülü Mehmed Paşa, saraya sunacağı tekliflerin derhal kabul edilmesi, devlet memurlarının atama-azil-nakil-emeklilik işlerine kimsenin karışmaması, işlerine kimsenin müdahale etmemesi, hakkında yapılacak şikayetlerde kendisinin dinlenilerek karar verilmesi şartıyla Sadrazamlığı kabul etti (1656-1661). Teklifleri kabul edilen Köprülü Mehmed Paşa isyan hâindeki Eflak Beyi ile ittifak içinde olan Rum Patriği’ni idam ettirdi. Savaştan kaçan, yolsuzlukları görülen zorbaların tümünü ortadan kaldırdı. Celâlî isyanlarını kanlı bir şekilde bastırdı. Maliyeyi düzeltti. Orduyu düzene koydu. Çanakkale’den Venedikliler’i kovdu. Ayrıca Erdel üzerine başarılı bir sefer yaparak devletin itibarını yükseltti.
İhtiyar Sadrazam Köprülü Mehmed Paşa’dan memnun olan Valide Turhan Sultan, O’nun isteğini kırmayarak oğlu Fazıl Ahmed Paşa’yı Sadrazamlık makamına getirdi. Fazıl Ahmed Paşa devri (1661-1676) devletin âdeta yeni bir yükselme devri oldu. Topçu sınıfını ıslah eden Sadrazam maliyeyi de düzene koyarak bütçeyi denkleştirdi. Avusturya, Venedik ve Lehistan üzerine başarılı seferler yaparak devleti eski gücüne ulaştırmıştır.
Merzifonlu Kara Mustafa Paşa’nın Viyana önünde bozguna uğraması üzerine işbaşına getirilen Fazıl Mustafa Paşa (1689-1691) savaş sebebiyle konan vergileri kaldırdı. Orduyu disiplin altına aldı. Maliyeyi düzeltti. Memurlukların para ile alınıp satılmasını önledi. Rüşvet aldıkları tespit edilen kadıların tümü görevden alındı. Böylece devlet otoritesini sağlayan Fazıl Mustafa Paşa çıktığı Avusturya seferinde ne yazık ki Salankamen SavaĢı’nda şehit oldu.