Sultan Murad’ın savaş meydanındaki şehadeti üzerine vasiyeti gereği tahta Yıldırım Bayezid çıkarıldı. Devletin bir buhranla karşılaşması ihtimâline karşı kardeşi Yakub Bey boğdurularak öldürüldü. Yıldırım Bayezid dönemi olaylarını da üç kısımda özetleyeceğiz:
Anadolu Fetihleri ve Anadolu Türk Birliğinin Sağlanması
Sultan Murad’ın ölümünü fırsat bilen Germiyanoğlu Yakub Bey ve Karamanoğlu Alâaddin Ali Bey Osmanlı topraklarına saldırmışlardı. Anadolu’ya geçen Yıldırım Bayezid, önce Germiyanoğulları üzerine yürüdü. Yakub Bey özür diledi ise de beyliğine son verilerek Denizli ve Uşak (1390) Osmanlı topraklarına katıldı. Oradan Aydınoğulları üzerine yürüyen Yıldırım Bayezid’e teslim olan Aydınoğlu Ġsa Bey’e Tire kasabası bırakılarak beyliğin diğer toprakları Osmanlı topraklarına katıldı. İlerlemeye devam eden Sultan Menteşe ve Saruhanoğulları Beyliği’ne de son verdi (1390). Bu sefer sonunda Gâvur İzmir dışında bütün Ege kıyıları Osmanlılar’ın eline geçmiş oldu. 1391 yılında tekrar harekete geçe Yıldırım Bayezid, Karamanoğulları’na yardım etmesi ihtimâli bulunan Hamidoğulları ve Teke Beyliği üzerine yürüdü. Eğirdir, Isparta, Burdur, Antalya Osmanlı topraklarına katıldı. Buradan Karaman topraklarına giren Yıldırım Bayezid karşısında tutunamayacağını anlayan Alâaddin Ali Bey Taşeli bölgesine çekildi. Bu arada Sivas hükümdarı Kadı Burhaneddin ile Candaroğulları’ndan yardım istedi. Ancak beklediği yardımı alamayınca Yıldırım’dan af dileyip barış istedi. Beyşehir ve Akşehir tekrar Osmanlılar’a iade edilerek barış yapıldı. Rumeli’deki işleri yola koyan Yıldırım Bayezid, Kadı Burhaneddin ile anlaşan Candaroğulları üzerine yürüdü. Kastamonu’yu alarak bu beyliğe son verdi (1392). Bu arada Kadı Burhaneddin’e bağlı kuvvetler, Şehzade Ertuğrul komutasındaki Osmanlı kuvvetlerini Osmancık yakınlarında Kırkdilim mevkiinde yenmiş ve Şehzade Ertuğrul’u öldürmüşlerdi. Bu olay (1393) iki devletin arasını daha da açtı. Ancak Amasya Valisi’nin Osmanlı hizmetine girmesi Kadı Burhaneddin için daha büyük bir darbe oldu.
Niğbolu zaferini takiben Anadolu birliğini kati olarak kurmak isteyen Yıldırım Bayezid 1397 yılında Anadolu’ya geçti. Bursa’da toplanan Osmanlı kuvvetleri Konya üzerine yürüdü. 1397 yılında yapılan savaşı kazanan Yıldırım Bayezid Konya’yı zapt etti. Yakalanan Alâaddin Ali Bey idam edildi. Mut, Ermenek ve İçel dışında bütün Karaman toprakları Osmanlılar’a katıldı. 1398 yılında Samsun ve havalisi, Çarşamba’dan Kelkit Vadileri’ne kadar olan bölge Osmanlı egemenliğini kabul etti. Osmanlı sınırı Trabzon Rum İmparatorluğu sınırına dayanmıştı. Sivas hükümdarı Kadı Burhaneddin, Karakoyunlu Türkmenleri reisi Kara Yülük Osman’la yaptığı savaşı kaybederek bu savaşta ölmüştü (1398). Karakoyunlular’ın eline geçmek istemeyen Sivaslılar, Yıldırım Bayezid’e başvurarak şehri teslim almasını istediler. Oğlu Süleyman’ı 20.000 kişiyle öncü olarak gönderen Yıldırım 1399 yılında Sivas’ı da Osmanlı topraklarına kattı. Daha sonra Malatya, Besni, Divriği mıntıkalarını da alan Osmanlılar, Dulkadıroğulları’nı himayelerine aldılar. Böylece Anadolu birliği kısmen de olsa kurulmuş oldu.
Rumeli Fetihleri
1390/91 yılında Osmanlı topraklarına tecavüz eden Eflak Prensi Mirça’yı mağlûp ve esir eden Yıldırım Bayezid, 1395 yılında Selanik’i ve Larissa (Yenişehir)’yı fethetti. Karaman seferi sırasında Bursa’da oturmakta olan V. Yuannis’in oğlu Manuel’in izin almadan İstanbul’a gitmesi üzerine Yıldırım Bayezid İstanbul’u kuşattı (I. Kuşatma, 1391). Bizans’ın yardım isteği üzerine Macarlar’ın Türk topraklarına girmesi bu ilk Türk kuşatmasının kaldırılmasına sebep oldu. Macar Kralı Sigismund Niğbolu’yu ele geçirmişti. Ancak üzerine gönderilen Türk akıncıları Macar ordusunu perişan ettiler. Macar harekâtına önayak olduğu görülerek 1393 yılında Bulgar başkenti Tırnova alınarak Bulgaristan doğrudan doğruya Türk topraklarına ilhak edildi. Tesalya’ya kadar yayılan Türk akıncıları Arnavutluk ve Rum Despotlarını vergiye bağlamışlardı. Ancak Türkler’in bu ileri harekâtı yeni bir Haçlı ordusunun hazırlanmasına sebep oldu. Yıldırım Bayezid 1395 yılında ikinci defa kuşattığı İstanbul önlerinde iken Macar Kralı Sigismund’un komutasında Macar, Fransız, İngiliz, Alman, Lehistan, Venedik, Papalık, Aragon, Kastilya, Rodos Şövalyeleri ve Eflak Prensliği’nin askerlerinden oluşan 130.000 kişilik büyük bir ordu hazırlandı. Haçlı ordusunun hareketini öğrenen Yıldırım Bayezid, İstanbul kuşatmasını kaldırarak Edirne’ye gelmiş ve hazırlıklarını burada tamamlamıştı. Haçlı orduları Niğbolu önlerine geldiler ancak kale komutanı Doğan Bey, Haçlılar’ı 15 gün kadar meşgul etti. Zaman kazanan Yıldırım Bayezid süratle Niğbolu önlerine gelerek bu Haçlı ordusunu perişan etti (1396). Zaferden sonra Bulgaristan’a ait batıdaki topraklar da Osmanlı ülkesine katıldı. Macaristan Türk akıncıları tarafından altüst edildi. Daha sonra İstanbul üzerine yürüyen Yıldırım Bayezid 1397 yılında üçüncü defa şehri kuşattı. Bu sırada Anadolu Hisarı (Güzelcehisar)’nı yaptırarak Boğaz’ı kontrol altına aldı. Ancak Anadolu işleri Yıldırım’a 13 ay kadar süren bu üçüncü kuşatmayı kaldırmasına sebep oldu. Bizans’ın bütün şartlarını kabul etmesi üzerine kuşatmayı kaldıran Yıldırım Bayezid Anadolu’ya döndü. İstanbul, Bizans’ın barış şartlarına uymaması sebebiyle 1400 yılında dördüncü defa kuşatıldı. Ancak bu sefer doğuda beliren Timur tehlikesi İstanbul’un fethini 50 yıl geciktirmiş oldu.
Ankara Meydan Muharebesi
Timur’un önünden kaçan Celâyiroğlu Ahmed ile Karakoyunlu Kara Yusuf’un iadesini isteyen Timur’a Yıldırım Bayezid ret cevabı verdi. Timur bunun üzerine Sivas üzerine yürüyerek bu şehri aldı. Timur’un çekilmesinde sonra Yıldırım Bayezid Erzincan ve Kemah’ı alarak Timur’un hâkimiyetini kabul etmiş olan Erzincan Emîri’ni cezalandırdı. Ancak Timur ertesi yıl tekrar Osmanlı topraklarına girdi. Her iki ordu Ankara önlerinde Çubuk Ovası’nda karşılaştılar. 28 Temmuz 1402 tarihinde cereyan eden tarihin en kanlı savaşlarından birisi olan Ankara Savaşı Timur’un galebesiyle sonuçlandı. Yıldırım Bayezid tutsak düştü. Esaret içinde 1403 tarihinde öldü. Timur Ankara Savaşı’nda Osmanlı ordusunu yenmişti ama imha edememişti. Bu bakımdan Osmanlılar’ın toparlanması kolay oldu. Ancak Anadolu birliği yeniden bozulmuş, eski beyler topraklarını ele geçirmişlerdi. Düşmesi an meselesi hâline gelen Bizans’ın kısa bir süre daha yaşaması sağlanmıştı. Ayrıca Yıldırım’ın oğulları arasında 11 yıl devam edecek olan taht kavgaları (Fetret Devri, 1402-1413) başlamıştı.