Yarı organının başı, Anayasa Mahkemesi’dir (Yüksek Mahkeme). Anayasa tarafından oluşturulan tek mahkemedir. Anayasa Mahkemesine bağlı 13 istinaf mahkemesi (yargıtay), bunlara da bağlı 95 tane de federal bölge mahkemesi vardır. Bunlar ise Kongre tarafından oluşturulmuştur. Anayasa Mahkemesi Washington D.C.’de toplanır. Diğer federal mahkemeler ise eyaletlere dağılmıştır. Seçilen federal yargıçlar ömür boyu görevde kalır. İstifa etmedikleri sürece, ancak suç işleyip Kongre tarafından yargılanmaları azledilirler.
Federal mahkemeler, anayasal ya da federal suçlardan kaynaklanan davalara, denizcilik davalarına, yabancı ülkeleri ve onların vatandaşlarını ilgilendiren davalara ya da federal hükümetin taraf olduğu davalara bakarlar.
Anayasa Mahkemesi, bir mahkeme başkanı ile 8 yargıçtan oluşur. Bu kuruma, genelde daha alt mahkemelerden (federal ya da eyalet mahkemelerinden) temyiz davaları gelir. Konu genellikle, Kongre’nin ya da eyaletlerin çıkardığı yasaların ve yürütme organı faaliyetlerinin yorumlanması ile anayasaya uygunluğunun tartışılmasıdır. (Federal yasalar gibi, eyalet yasalarının da ABD Anayası’na uygun olması gerekir.)