Ulusun başında sekiz yıldan fazla kalmayı kesinlikle reddeden Washington 1797’de emekliye ayrıldı. Başkan Yardımcısı, Massachusettsli John Adams yeni başkan olarak seçildi. Başkanlığa getirilmeden önce Alexander Hamilton ile sürtüşmüş olan Adams, bölünmüş bir parti ile çalışmak zorundaydı.
Uluslararası karmaşa bu iç zorlukları daha da arttırıyordu: İngiltere ile yeni yapılan andlaşmayı öfkeyle karşılayan Fransa, İngilizlerin iddialarını benimseyerek, düşman limanlarına götürülmekte olan besin maddelerine, donanmaya ait mallara ve savaş malzemesine Fransız donanması tarafından el konulacağını açıkladı. 1797’ye gelindiğinde, Fransa 300 Amerikan gemisine el koymuş ve Amerika Birleşik Devletleri’yle diplomatik ilişkilerini kesmişti. Adams, görüşmelerde bulunmak üzere Paris’e üç temsilci daha gönderince, Fransa Dışişleri Bakanı Charles Maurice de Talleyrand’n ajanları (Adams, Kongre’ye verdiği raporda bunlardan X, Y ve Z olarak söz etmiştir), Amerika Birleşik Devletleri’nin Fransa’ya 12 milyon dolar borç ve Fransa Hükümeti yetkililerine de rüşvet vermesi koşuluyla görüşmelere başlanabileceğini bildirdiler. Amerikalıların Fransa’ya karşı düşmanlıkları yüksek bir düzeye erişti. XYZ Olayı denilen gelişmeler sonucunda, silah altına asker alınmaya ve genç A.B.D. donanması güçlendirilmeye başlandı.
Fransızlarla bir dizi deniz çatışmasından sonra savaş kaçınılmaz görünüyordu. Bu bunalım sırasında, Adams, savaşmak isteyen Hamilton’un önerilerini bir kenara iterek Fransa’ya üç yeni temsilci gönderdi. İktidara yeni gelmiş olan Napoleon, temsilcilere içten bir kabul gösterdi ve görüşmeler sonunda, Amerika Birleşik Devletleri’ni Fransa ile 1778’de yapmış bulunduğu savunma ittifakının yükümlülüklerinden resmen kurtaran Sözleşme’nin 1800 yılında imzalanmasıyla çatışma tehlikesi azaldı. Buna karşın, Amerika’nın zayıflığı yüzünden, Fransa, Fransız donanmasının el koyduğu Amerikan gemilerine karşılık 20 milyon dolar tazminat ödemeyi reddetti.
Fransa’ya karşı duyulan düşmanlık, Kongre’nin Yabancılar ve İsyan Yasaları’nı kabulüne yol açtı ve bu yasalar Amerika’da vatandaşlık hakları üzerinde önemli etkiler yarattı. Vatandaşlığa alınma süresini beş yıldan on dört yıla yükselten Vatandaşlık Yasası, Cumhuriyetçiler’e destek verdiğinden kuşku duyulan İrlandalı ve Fransız göçmenleri hedef alıyordu. Sadece iki yıl yürürlükte kalacak olan Yabancılar Yasası, başkana, savaş sırasında yabancıları hapse atma ya da sınır dışı etme yetkisi veriyordu. İsyan Yasası, başkan ya da Kongre hakkında “yanlış, iftira sayılan ve kasıtlı” her tür yazıyı, konuşmayı ya da yayını yasaklıyordu. İsyan Yasası uyarınca verilen birkaç mahkumiyet kararı, vatandaşlık hakları konusunda azizler yarattı ve Cumhuriyetçiler’e destek sağladı.
Yasalar dirnmeyle karşılandı. Jefferson ve Madison, Kasım ve Aralık 1798’de, Kentucky ve Virginia yasama organlarının, aynı adla anılan birer Karar almalarına öncülük ettiler. Bunlara göre, eyaletler, federal hükümetin kararlarına kendi görüşleri çerçevesinde “müdahale” edebilecek ve onları “geçersiz” kılabileceklerdi. Geçersiz kılma kuramı, gelecek yıllarda, gümrük tarifeleri ve daha da kötüsü, kölelik konularında kendi çıkarlarını Kuzey’in çıkarlarına karşı savunmak amacıyla Güney eyaletleri tarafından kullanılacaktı.
1800’e gelindiğinde Amerikan halkı bir değişikliğe hazırdı. Washington ve Adams’ın yönetimi sırasında Federalistler güçlü bir hükümet kurmuşlardı; fakat, Amerikan hükümetinin vatandaşların isteklerine karşılık vermek zorunda olduğu ilkesini zaman zaman göz ardı ederek, büyük grubları yabancılaştıran bir dizi siyaset izlemişlerdi. Sözgelimi, 1798’de bir konut, arazi ve köle vergisi çıkararak ülkedeki tüm emlak sahiplerini etkilediler.
Jefferson sürekli olarak çevresinde büyük çiftçi, dükkan sahibi ve diğer işçi kitleleri topladı ve onlar da 1800 seçimlerinde etkilerini gösterdiler. Jefferson, Amerikan idealizmine hitap ettiği için olağan üstü destek elde etti. Yeni başkent Washington, D.C.’de okunan ilk resmi söylev olan göreve başlama konuşmasında, halk arasında düzeni koruyacak “akıllı ve tutumlu bir hükümet kurulacağına”; ancak, “onların, bunun dışında, kendi çalışmalarını ve gelişmelerini düzenlemekte özgür bırakılacaklarına” söz verdi.
Jefferson’un sadece Beyaz Saray’daki varlığı bile demokratik yöntemler geliştirdi. Maiyetindekilere, kendilerine halkın emanetçileri olmaktan başka bir gözle bakmamalarını öğretti. Tarımı ve batıya doğru genişlemeyi teşvik etti. Amerika’nın baskı altında kalan kişiler için bir barınak olduğuna inandığı için, özgürlükçü bir vatandaşlık yasası çıkarılmasını istedi. İkinci görev döneminin sonlarına gelindiğinde, uzak görüşlü Maliye Bakanı Albert Gallatin, ulusun borçlarını 560 milyon doların altına düşürmüştü. Jefferson yanlısı tutkular ülkeye yayıldıkça, pek çok eyalet birbiri ardından, seçme hakkı için emlak sahibi olma koşulunu kaldıran ve borçlularla tutuklulara daha insanca yaklaşan yasalar çıkardılar.