Birinci görev döneminin sonuna doğru Jackson, korumacı gümrük tarifeleri konusunda South Carolina eyaletini karşısına almak zorunda kaldı. Eyaletteki ticaret ve tarım çıkar çevreleri, Jakson’un başkanlık yetkisini, uzun süredir muhalefet ettikleri gümrük tarifesi yasalarını değiştirmek için kullanacağını umuyorlardı. Onların düşüncelerine göre, himayenin tüm getirilerinden Kuzey’deki imalatçılar yararlanıyor ve ülke genelde zenginleşirken, daha yüksek fiyatların yükünü büyük çiftlik sahiplerinin çektiği South Carolina yoksullaşıyordu.
Kongre’nin kabul edip Jackson’un 1832’de onayladığı korumacı gümrük tarifesi yasası daha ılımlı koşullar taşımakla birlikte, eyalette pek çok kişi daha fazla öfkelenmişti. Buna karşılık olarak, çok sayıda South Carolinalı, eyaletlerin “iptal” hakkı ilkesini ileri sürdüler. Anılan ilke, 1832’ye kadar Jackson’un başkn yardımcılığını yapmış olan John C.Calhoun tarafından “South Carolina Yorumu ve Protestosu” (1828) ile ortaya atılmıştı. South Carolina, 1828 ve 1832 gümrük tarifelerini eyalet sınırları içinde geçersiz sayan İptal Kararnamesi’ni yayınlayarak duruma el koydu. Eyalet yasama organı ayrıca, kararnamenin uygulanması amacıyla, askeri güç oluşturup silahlandırma yetkisini de içeren bir yasa kabul etti.
İptal konusu, federal hükümete karşı eyaletlerde görülen bir dizi meydan okuma hareketinin sadece en yenisiydi. Hemen hemen cumhuriyetin kuruluşundan beri, ulusal hükümetin eyaletler üzerindeki yetkileri ve vatandaşların kime bağlı olacağı konularında süregelen bir çekişme vardı. Sözgelimi, 1798 tarihli Kentucky ve Virginia Kararları ile Yabancılar ve İsyan Yasası’na karşı çıkılmış, New England’da Hartford Toplantısı’nda, Başkan Madison’a ve İngiltere ile savaşa karşı muhalefetini açıklamıştı.
Jackson, South Carolina’nın tehdidine karşılık olarak, Kasım 1832’de Charleston’a yedi küçük askeri tekne ve bir savaş gemisi gönderdi. 10 Aralık’ta, iptalcilere karşı sert bir bildiri yayınladı. Başkan, South Carolina’nın “ayaklanmanın ve vatana ihanetin eşiğinde” olduğunu ilan edip atalarının uğruna savaştığı Birlik’e bağlılıklarını yinelemeleri için eyalet halkına çağrıda bulundu.
Gümrük tarifeleri konusu yeniden Kongre’ye geldiğinde, sadece bir kişinin, yani korumacılığın büyük savunucusu (ve Jackson’un siyasal rakibi) Senatör Henry Clay’ın Kongre’de bir uzlaşma kararı aldırabileceği kısa bir süre içinde anlaşıldı. Clay tarafından taslağı hazırlanan ve 1833’te hemen kabul edilen yasaya göre, ithal edilen malların değerinin yüzde yirmisini aşan tüm resimler, küçük aşamalarla azaltılacak ve 1842’ye gelindiğinde tüm mallardan alınan resimler ılımlı 1816 tarifesi düzeyine indirilmiş olacaktı.
South Carolina’daki iptalci liderler, diğer Güney eyaletlerinin de kandilerini destekleyeceğini beklemişlerdi; fakat, istisnasız tüm Güney, eyaletin davranışının akıl dışı ve anayasaya aykırı olduğunu açıkladı. South Carolina kararını aşamalı olarak geri aldı. Buna karşın, iki tarafdazafer kazandığını ilan etti. Jackson, federal hükümetin Birlik’in egemenliğine bağlılığını sağlamıştı. Buna karşın, South Carolina, sergilediği direnme sayesinde, taleplerinin çoğunu elde etmiş ve tek bir eyaletin bile isteklerini Kongre’ye kabul ettirebileceğini göstermişti.