XVII. yüzyıl ortalarında İngiltere’de süren dinsel çatışmalar yüzünden göçler sınırlandı ve anavatan yeni kurulan Amerikan kolonileriyle daha az ilgilenmeye başladı.
Kısmen İngiltere’nin ihmal ettiği savunma önlemlerini sağlamak için Massachusetts Körfezi, Plymouth, Connecticut ve New Haven kolonileri, 1643’te New England Konfederasyonu’nu oluşturdular. Bu, Avrupalı kolonicilerin bölgesel birlik sağlamaya yönelik ilk girişimleriydi.
İngiliz yerleşimcileri tarihinin ilk yılları incelendiğinde, kendi aralarında ve komşuları ile güce erişmek ve önemli bir konum elde etmek isteyen grublar arasında, dinsel ve siyasal konularda büyük bir rekabet sürdüğü görülür. Özellikle Maryland, Oliver Cromwell döneminde İngiltere’yi etkileyen yoğun dinsel rekabetin acısını çekti. Kayıplardan biri, 1650’lerde eyaletin Hoşgörü Yasası’nın kaldırılması oldu. Ancak, çok geçmeden yasa yeniden yürürlüğe konuldu ve güvence altına aldığı dinsel özgürlük de geri geldi.
1675’te, kolonilerde Kral’ın yetkilerine karşı ilk önemli başkaldırı olan Bacon İhtilali patlak verdi. Virginia’daki yerleşimcilerle Susquehannock Kızılderilileri arasındaki bir çatışma ilk kıvılcımı oluşturdu; fakat kısa bir süre sonra, sıradan çiftçiler, büyük çiftlik sahiplerinin zenginliği ve ayrıcalığı ve Virginia Valisi William Berkeley ile karşı karşıya geldiler.
Tütün fiyatlarının düşüklüğünden ve yaşam koşullarnın ağırlığından yakınan küçük çiftçiler, kısa bir süre önce İngiltere’den gelmiş olan Nathaniel Bacon’un çevresinde toplandılar. Berkeley, Bacon’a Kızılderililere karşı baskın düzenleme görevi vermeyi reddetti; ancak, 1661’den beri değişmemiş olan Temsilciler Meclisi (House of Burgesses) için yeni seçimler yapılmasını onayladı.
Berkeley’in emirlerine karşı çıkan Bacon, dost Ocaneechee kabilesine karşı bir saldırı başlattı ve kabileyi hemen hemen yok etti. Eylül 1676’da Jamestown’a dönerek kenti yaktı ve Berkeley’i kaçmak zorunda bıraktı. Eyaletin büyük bir kesimi artık Bacon’un yönetimi altındaydı. Ancak, Bacon’un zafer günleri uzun sürmedi ve bir ay sonra geçirdiği bir humma sonucu öldü. Bacon olmayınca isyan da canlılığını yitirdi. Berkley yeniden yönetimi eline geçirdi ve Bacon yandaşlarından 23’ünü astı.
Kral II. Charles’in 1660’ta yeniden tahta geçirilmesiyle İngilizler yeniden Kuzey Amerika ile ilgilenmeye başladılar. Kısa bir süre içerisinde Carolinalarda ilk Avrupalı yerleşim birimleri kuruldu ve Hollandalılar New Netherland’dan uzaklaştırıldılar. New York, New Jersey, Delaware ve Pennsylvania’da mülke dayalı yeni koloniler kuruldu.
Hollanda yerleşim birimleri, genel bir kural olarak, Avrupa’dan atanan otokrat valiler tarafından yönetiliyordu. Yıllar geçtikçe yerel halk onlardan uzaklaşmıştı. Bunun sonucu olarak, İngiliz koloniciler Long Island ve Manhattan’daki Hollanda topraklarına tecavüze başlayınca, halk tarafından beğenilmeyen vali onları savunma için toparlamayı başaramadı. New Netherland 1664’te düştü. Teslim olma koşulları ise ılımlıydı: Hollandalı yerleşimciler mülklerini koruyabilecek ve istedikleri gibi tapınabileceklerdi.
Günümüzde kuzey North Carolina’yı oluşturan bölgenin kıyıları açığındaki Albemarle Boğazı, daha 1650’lerden başlamak üzere, Virginia’dan gelen yerleşimcilerle dolmaktaydı. Yerleşim birimin ilk valisi 1664’te geldi. Günümüzde bile uzakta kalmış bir bölge sayılan Albemarle’daki ilk kent, 1704’te bir Fransız Hügenot grubu gelinceye kadar kurulmadı.
1670’te, New England ve Antillerdeki Barbados adasından hareket eden ilk göçmenler, şimdi South Carolina’nın Charleston kenti olan yöreye geldiler. Yeni koloni için, İngiliz filozofu John Locke’nin da katkıda bulunduğu, ayrıntılı bir hükümet sistemi hazırlandı. Sistemin önemli özelliklerinden biri, kalıtsal bir asalet uygulamasına yönelik başarısız girişim oldu. Koloninin en az çekici olan yönü ise, ilk yıllarda uygulanan Kızılderili köle ticareti idi. Ancak zaman geçtikçe, kereste, pirinç ve çivit, koloni için daha saygın bir ekonomik temel oluşturdu
Massachusetts Körfezi, dinsel temellerle yönetilen tek koloni değildi. Zengin bir Quaker ve II. Charles’in dostu olan William Penn’e, 1681’de Delaware Nehri’nin batısında, sonradan Pennsylvania adını alan, geniş bir arazi verildi. Penn, bu araziye yerleştirmek amacıyla İngiltere’den ve Avrupa kıtasından çok sayıda protestan – Quaker, Mennonite, Amish, Moravian ve Baptist – topladı.
Penny bir yıl sonra geldiğinde, Delaware Nehri kıyılarında Hollandalı, İsveçli ve İngiliz yerleşimci yaşamaya başlamış bulunuyordu. Orada Philadelphia’yı, “Kardeşçe Aşk Kenti”ni kurdu.
Penn inançları uyarınca, o zamanlar başka Amerikan kolonilerinde pek görülmeyen bir eşitlik duygusu çerçevesinde davranıyordu. Bu nedenle, Pennsylvania’da yaşayan kadınlar, Amerika’nın diğer yörelerindekilerden çok önce haklarına kavuştular. Penn ve yardımcıları, koloninin Delaware Kızılderilileriyle olan ilişkilerinde de çok dikkatli davrandılar ve Avrupalıların yerleştiği her arazi parçası için onlara ödeme yapılmasını güvence altına aldılar.
Kurulan 13 koloninin sonuncusu olan Georgia’ya 1732’de yerleşildi. İspanyol Floridası’nın sınırları içinde bulunmamakla birlikte ona çok yakın olan bu bölgenin, İspanyol saldırılarına karşı bir tampon görevi yapması düşünülmüştü. Koloninin benzeri bulunmayan bir başka niteliği daha vardı: Georgia’daki istihkam işleri ile görevlendirilen General James Oglethorpe bir reformcuydu ve bilinçli olarak, yoksullara ve eski mahkumlara yeni fırsatlar tanınmasına yönelik bir barınak yaratmaya başladı.