II. Gıyaseddin Keyhüsrev’den sonra işbaşına geçen hükümdarlar beylerin, komutanların elinde birer oyuncaktan farksızdı. 1256 yılında Anadolu’da büyük katliâmlar yapan Moğollar’la Vezir Muinüddin Süleyman Pervane anlaşarak devleti Kızılırmak sınır olmak üzere ikiye ayırdı. 1261 yılında Moğol zulmüne karşı Karamanoğulları ayaklandılar. 1276 tarihinde Hatiroğulları gene Moğollar’a karşı ayaklandı ancak başarılı olamadı. Bu hareketi destekleyen Mısır Türk Memlûk Sultanı Baybars Kayseri’ye kadar geldiyse de Anadolu’dan istediği yardımı göremedi. 1277 yılında Karamanoğlu Mehmed Bey, Selçuklu şehzâdesi Alâaddin Siyavuş’u Konya’da tahta çıkarmak üzere hareket ettiyse de başaramadı. Bu olay tarihlerde “Cimri Olayı” olarak nitelendirilmektedir. XIII. yüzyılın sonlarına doğru Anadolu’da Türkmen Beylikleri birer bire bağımsızlıklarını ilân etmeye başladılar.