Sultan Melikşâh’ın ölümünden kısa bir süre sonra Vezir Nizam’ül-Mülk de Batınîler tarafından öldürüldü. Şeklen Irak ve Horasan’daki Büyük Selçuklu Sultanları’na bağlı olmak üzere Kirman Selçukluları, Suriye Selçukluları ve Anadolu Selçukluları olarak İmparatorluk parçalandı. Melikşâh’tan sonra yerine 5 yaşındaki oğlu Mahmud tahta çıkarıldıysa da Berkyaruk onu tanımadı. Berkyaruk da 1104 yılında öldü. Yerine kardeşi Muhammed Tapar (1105-1118) Isfahan’da tahta çıktı. Tapar’dan sonra Selçuklu Devleti’nin son büyük hükümdarı Sultan Sançar (1118-1157) tahta çıktı. Gurlular’ı, Karahanlılar’ı, Harezmşahlar’ı tekrar vergiye bağladı. Halifenin siyasî gücü ele geçirme çabalarına tekrar son verdi, O’na yalnızca dinî görevleri bıraktı. Ancak Karahıtaylar’a 1141’de Katvan’da yenildi. Bu yenilgi Sultan Sançar için bir dönüm noktası oldu ve bir daha toplanamadı. 1153 yılında ayaklana göçebe Oğuzlar’a tutsak oldu. Üç yıllık esaretten sonra kurtarılan Sultan Sançar 1157 yılında 72 yaşında iken öldü.
