Yine de hiçbir Konfederasyon zaferi kesin sonuç getirmedi. Federal hükümet her seferinde yeni ordular kurdu ve yine savaştı. Kuzey’in Chancellorsville’deki büyük yenilgisinin kendisine beklediği fırsatı sağladığını düşünen Lee, Temmuz 1863’te kuzeye Pennsylvania’ya doğru ilerledi ve neredeyse eyaletin başkenti Harrisburg’a ulaştı. Güçlü bir Birlik kuvveti, Lee’nin ilerleyişini Gettysburg’da durdurdu ve İç Savaştaki en büyük karşılaşmayı oluşturan üç günlük bir çatışmada Konfederasyon askerleri Birlik hatlarını yarmak için kahramanca saldırdılar. Bunda başarılı olamadılar ve Lee’nin deneyimli birlikleri büyük zayiat verdikten sonra Potomac’a çekildiler.
Gettysburg’da 3.000’den fazla Birlik ve 4.000’e yakın Konfederasyon askeri öldü; tarafların her birindeki yaralı ve kayıp sayısı 20.000’i aştı. Lincoln, 19 Kasım 1863’te Gettysburg’da yeni bir ulusal mezarlığın açılış töreninde, belki de Amerikan tarihindeki en ünlü konuşmayı yaptı. Kısa açıklamasını şu sözlerle bitirdi:
… burada yatanların boş yere ölmedikleri… bu ulusun, Tanrının yardımıyla, yeni bir özgürlüğün doğuşuna sahip olacağı… ve insanların, insanlar tarafından kurulmuş, insanlar için var olan hükümetinin dünya yüzünden silinmeyeceği konusunda kesin kararlıyız.
Birlik güçlerinin Mississippi’deki üstünlüğü, Konfederasyon birliklerinin denizden saldırılamayacak kadar yüksek ve kayalık kıyılarda büyük tahkimat yaptıkları Vicksburg’da durduruldu. Grant, 1863 başlarında, Vicksburg’un aşağısından ve çevresinden dolanarak oradaki birlikleri altı hafta sürecek bir ablukaya aldı. 4 Temmuz’da kenti ve orada bulunan Batı kesimindeki en güçlü Konfederasyon Ordusunu ele geçirdi. Nehir böylece tümüyle Birlik’in kontrolüne girmişti. Konfederasyon ikiye bölünmüştü ve Texas ve Arkansas’tan malzeme getirmek de hemen hemen olanaksızdı.
Kuzeylilerin Temmuz 1863’te Vicksburg ve Gettysburg’da kazandıkları zaferler savaşın dönüm noktası olduysa da kanlı çatışmalar azalmadan bir buçuk yıldan daha fazla sürdü.
Lincoln, Grant’ı doğuya getirdi ve tüm Birlik güçlerinin başkomutanı yaptı. Grant, Mayıs 1864’te Virginia’nın içlerine ilerledi ve Lee’nin Konfederasyon Ordusu ile, üç gün sürecek Vahşi Doğa Çatışması’na girişti. Her iki taraf da büyük kayıplar verdi; fakat, Grant, diğer Birlik komutanlarının aksine çekilmeyi reddetti. Bunun yerine, Lee’nin birliklerini çevirmeyi, Konfederasyon hatlarını yaydırmayı ve piyade ve topçu saldırıları başlatmayı denedi. Birlik askerlerinin komutanı, Spotsylvania’da beş gün süren ve bir yıldır Batı cephesindeki çatışmaları geniş ölçüde simgelemiş olan kanlı bir siper savaşı sırasında “tüm yaz aylarını alsa da bu hatta savaşmayı düşünüyorum” demişti.
Batı’daki Birlik güçleri 1863 sonbaharında, Chattanooga ve yakınındaki Lookout Dağı’nda kazandıkları zaferler sonrasında Tennessee’nin kontrolünü ele geçirdiler ve General William T. Sherman’ın Georgia’yı işgal etmesine yol açtılar. Sherman, kendisinikinden daha küçük birkaç Konfederasyon ordusunu saf dışı bıraktı, eyaletin başkenti Atlanta’yı işgal etti; yolunun üzerindeki demiryollarını, fabrikaları, depoları ve diğer tesisleri sistemli bir biçimde yakıp yıkarak Atlas Okyanusu kıyılarına doğru ilerledi. Olağan destek yollarından yoksun kalan adamları, karınlarını doyurmak için kırsal bölgeleri yağmaladılar. Kıyıdan kuzeye doğru ilerleyen Sherman, Şubat 1865’te, İç Savaş’taki ilk silahların patlamış olduğu, South Carolina’nın Charleston kentini ele geçirdi. Sherman, Güney’in azmini ve kendine güvenini yok etmenin, ordularını yenmek kadar önemli olduğunu, diğer Birlik generallerinin hepsinden daha iyi anlamıştı.
Bu sırada Grant, Lee Mart 1865’te güneye çekilmek amacıyla hem Virginia’nın Petersburg kentini, hem de Konfederasyon başkenti Richmon’dı boşaltmadan önce, Petersburg’u dokuz ay boyunca abluka altında tuttu. Ancak artık çok geçti. Büyük Birlik orduları tarafından çevresi sarılan Lee, 9 Nisan 1865’te Appomattox Adliye Sarayı’nda Grant’a teslim oldu. Çatışmalar orada burada birkaç ay daha sürdüyse de İç Savaş sona ermişti.
Appomattox’ta çok cömert teslim koşulları istenildi ve Grant, Lee ile buluşmasından dönerken onu gürültülü bir biçimde karşılayan askerlerini “Asiler yeniden vatandaşımız oldular” diyerek yatıştırdı. Güney’in bağımsızlığı için yapılan savaş bir “yitirilmiş dava”ya dönüşmüş ve kahramanları olan Lee, parlak önderliği ve yenilgideki büyüklüğü nedeniyle büyük bir hayranlık kazanmıştı.