Kılıç Arslan, Ege’de oldukça kuvvetlene Çakan Bey (Çaka Bey)’i ortadan kaldırdıktan (1097) sonra Malatya’ya giderek burasını kuşattı. Ancak bu sırada büyük Haçlı ordusunun Anadolu’ya ayak bastığını duyarak İznik önlerine geldiyse de sayıca üstün Haçlılar karşısında Anadolu’ya çekildi. Eskişehir önlerinde tekrar şansını deneyen Kılıç Arslan, Haçlı ordusunu Antakya’ya ulaşıncaya kadar gerilla savaşlarıyla rahatsız etti. Haçlılar büyük zayiat vermelerine rağmen boydan boya Anadolu’yu geçerek Antakya, Kudüs ve Urfa taraflarını alıp buralarda krallık, kontluk, prenskepslik kurdular. Bu arada Haçlılar’ın arkasından gelen Bizanslılar da Batı Anadolu, Karadeniz ve Akdeniz sahil kesimini tekrar kontrollerine almayı başarmışlardı.
Elinde yalnızca İç Anadolu kalan Sultan I. Kılıç Arslan başkenti Konya’ya getirdi. Daha sonra Güneydoğu Anadolu bölgesindeki bazı şehirler üzerine yürüdü. Bu yüzden Musul Atabeki Çavlı, Artuklu İl-Gazi ve Suriye Meliki Rıdvan Kılıç Arslan’ın üzerine yürüdüler. Suriye’de Habur Suyu kenarında yapılan savaşı kaybeden Kılıç Arslan Habur’u geçerken boğuldu (1107). Yerine oğlu Mes’ud geçtiyse de diğer kardeşi Şehinşâh O’nu tanımadı. Taht kavgası 1116’ya kadar sürdü.