Saltanatının ilk yıllarında, Sultan Alparslan zamanında da iki defa isyan etmiş ve affedilmiş olan amcası Kavurt tekrar isyan etti. Bu isyan bastırılarak Kavurt yayının kirişiyle boğdurularak idam olundu. Karahanlılar ülkesine yürüyen Melikşâh Semerakant’a kadar olan bölgeyi ele geçirdi. Her iki hanedanın arasında akrabalık kuruldu. Gazneliler de aynı akıbete uğradılar ve Melikşâh’ın yüksek hâkimiyetini kabul etmek zorunda kaldılar. Kutlamış’ın oğlu Süleyman Şâh’ı Anadolu’ya göndererek O’nu bu ülkeye emîr olarak atadı. Kutlamış-oğlu Süleyman Şâh kısa zamanda baştan başa bütün Anadolu’yu ele geçirdi. İzmit başkent olmak üzere (1077) Anadolu Selçuklu Hanedanı’nın temelini attı. Melikşâh zamanında Selçuklu İmparatorluğu en geniş sınırlarına ulaştı. Doğuda Seyhun Nehri ve Tanrı Dağları’ndan batıda Akdeniz ve Boğazlar’a, kuzeyde Kafkas Dağları’ndan güneyde Hint Denizi’ne kadar ulaşılmıştı. Melikşâh döneminin en önemli iç olaylarından birisi de Hasan Sabbah’ın lderi olduğu Batınî hareketidir. Hasan Sabbah, Alamut Kalesi’nde kurduğu yalancı cenneti ile bir tarikat kurmuş, tarikatına mensup fedailerle birçok Türk ve Müslüman ileri gelenlerine karşı suikastlar düzenlemeye başlamıştı. Saltanatının son yıllarında Batınîler’le uğraşan Sultan Melikşâh 38 yaşında iken zehirlenerek öldü (1092).
