Adını Fenercilik sanatına nisbetle aldığı söylendiği gibi kimi kayıtlarda Horasan civârına kimi kaynaklarda da Yenişehir ile İnegöl taraflarına lokalize edilen yâhut Karaman veya Amasya köylerinden olduğu söylenen bir Fenâr’da doğmuş olması dolayısıyla bu lakabı alması daha muhtemeldir.
Osmanlıların kuruluş ve Timur gâilesiyle bir iç harbe düçâr olduğu felâketli bir dönemde yaşayan Molla Fenârî Osmanlı geleneğine nazaran ilk Osmanlı şeyhülislâmı olarak kabûl edilmektedir. İznik’te ve Amasya’daki medreselerde dönemin ünlü isimlerinden dersler aldıktan sonra Kâhire’ye gitmiş, dönüşünde Çelebi Mehmed döneminde, kadı olarak tâyin edilmiştir. Daha sonra muhtelif defalar Mısır’a gidip gelmiş, bâzı kaynaklara göre bu dönüşlerde ticâretle uğraşmıştır. Onun tüm ulemâya mercî olarak şeyhülislâm tâyin edilmesinin (II.) Murad döneminde (1425) gerçekleştiği yazılmaktadır.
Zamânının en büyük bilginlerinden sayılan ve şer’î ilimlerde söz sâhibi olmakla berâber tasavvufî ve felsefî metinlerle de ünsiyet peydâ etmiş, M. Aşkar’a göre kuvvetli bir mantıkçı olarak, Aristo’yu Anadolu’nun İslâmî tefekkür dünyasına ve Osmanlı medresesine sokan da kendisi olmuştur. Hayatıyla ilgili ve belki de müteselsil tesirini ortaya koyan en ilginç örnek, öğrencilerinden Kâdızâde-i Rûmî’yi matematik ve astronomi tahsîl etmesi için Semerkand’a yollaması ve Kadızâde’nin orada Uluğ Bey’in himâyesinde büyük âlim Ali Kuşçu’yu yetiştirmesi ve bu mukaddes ilim halkasının son zinciri olan Kuşçu’nun büyük Fâtih’in şehrine çağrılmasıyla oluşan kutlu netîce ve berâberliklere sebep olmasıdır.
Aklî ilimlerde önde gelen bir âlim olarak felsefe ve mantık metodolojisi ile aynı zamanda tasavvuf yolunun da Osmanlı Anadolusu’ndaki en büyük ilk temsilcilerinden sayılan Molla Fenârî bu konuda en çok İbnü’l Arâbî’den ve onun öğrencisi Sadreddin Konevî’den etkilenmiştir. Yine Aşkar’a göre Osmanlılar’da Davud-ı Kayserî’den sonra bu yolun tanınıp benimsenmesindeki en büyük rol de Fenârî’ye âittir. O aynı zamanda Fahreddin Râzî, Saadettin Taftazânî gibi isimlerin de Osmanlı eğitim sistemi içine girmesini sağlamıştır. T. Görgün’ün ifâdesiyle “Molla Fenârî’nin kendisinden önceki entelektüel birikimden yararlanma hususunda kapsayıcı bir bakış açısına sahip olması, farklı ya da çatışan düşünce geleneklerini birbiriyle uyuşacak tarzda yeniden ele alabilmesini sağlamış ve daha yüksek bir düzeyde gerçekleştirilecek bir sentezi düşünürün asıl gayesi haline getirmiştir. Din ilimleri olarak fıkıh ve kelâm, felsefî analiz ve teorik kanıtlama yöntemi olarak mantık, vahdet-i vücûd metafiziği olarak tasavvuf bu düşünce sisteminde dinî ve aklî meşruiyet sorunu yaşamadan bir arada bulunmaktadır. Bu yaklaşımıyla Fenârî kendisinden sonraki Osmanlı düşünce ve ilim hayatına yön vermiş şahsiyetlerden biridir.” Ayrıca asırlarca Osmanlı medreselerinde okutulacak eserler telif etmiş olması, kültür ve düşünce târihimizdeki ağırlığı hakkında bir fikir verebilir.