05 Ocak 1970’te Trabzon’da doğdu. İlk, orta ve lise öğrenimini Trabzon’da tamamladı. Atatürk Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Doğu Dilleri ve Edebiyatları Bölümü, Arap Dili ve Edebiyatı Anabilim Dalında lisans öğrenimini tamamladı (1986-1990). 1994 yılında Kırıkkale Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Doğu Dilleri ve Edebiyatları Bölümü, Arap Dili ve Edebiyatı Anabilim Dalında araştırma görevlisi olarak göreve başladı. Aynı Üniversitede yüksek lisans öğrenimini tamamladı (1998). Ankara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde, 2547 sayılı YÖK kanununun 35’inci maddesi kapsamında görevli olarak Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesinde doktorasını tamamladı (2006).
2008’de Kırıkkale Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesinde Yardımcı Doçent, 2010 yılında ise Doçent kadrosuna atandı. Kırıkkale Üniversitesi Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü (2010-2013) yanında çeşitli idari görevlerde bulunan Hekimoğlu, kurucularından olduğu Şarkiyat Araştırmalar Dergisi editörlüğü görevlerini üstlenmiştir.
2016 yılında profesör kadrosuna atanan Hekimoğlu, 2016 ve 2017 yıllarında Kırıkkale Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesinde öğretim üyesi olarak görev yapmıştır. 2018’den itibaren de Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi Doğu Dilleri ve Edebiyatları Bölümünde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.
2013 yılından itibaren Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Başkan Yardımcılığı görevini yürütmekte olan Prof. Dr. Muhammet Hekimoğlu evli ve üç çocuk babasıdır.
2013’te başkan yardımcılığına atanan Hekimoğlu, Cumhurbaşkanlığı kararnamesi ile Nisan 2020 itibarı ile kurum başkanlığına getirildi.