Uygurlar, Orkun ve Selenge vadilerinin yerli kavimleri idiler. Hun çağında bunlara Dinling ve Kök-Türk çağında ise, Tiele (Tölis-TöliĢ) gibi adlar verilmişti. Orkun bölgesi, 552 yılına kadar Juan-Juan (yani Avar) devletinin merkezi olmuştu. Yine bu kutsal bölge, 552 yılından sonra Kök-Türkler tarafından merkez yapılmıştı. Uygurlar’ın ataları uzun süre, bu iki büyük devletin baskısı altında pek fazla göz açamamışlardı. Bu kavimlerden bir kısmı, Selenge Irmağı kıyılarındaki verimsiz bölgelerde yaşamışlar ve diğer bölümleri ise, güneye inmek zorunda kalmışlardı. Uygurlar’ın ataları olan bu toplulukların oturdukları eski yerleri ile sonraki göçlerini, kesin olarak kaynaklardan izleyebilmekteyiz. 630 yılında Kök-Türk Devleti Çin tarafından yıkılınca, Uygurlar’ın ataları da bağımsızlıklarını ilân ederek hemen bir devlet kurmuşlardı. Çin ise, Kök-Türkler’e karşı bu Uygur devletini desteklemişti. Bu sebeple Uygurlar bu çağda güneylere doğru inebilmişlerdi. Fakat devlet düzenleri henüz ilkel idi. Buna rağmen o çağda bile, Uygurlar arasında Buda dininin yaygın olduğu söylenebilirdi. Çünkü başkanları Pusa, Buda’nın adını taşıyordu. Eskiden kuzeyin verimsiz bozkırlarında sıkışıp kalmış olan Uygurlar, 630 yılından sonra, Tanrı Dağları’nın kuzey eteklerine kadar uzanmak imkânını bulmuşlardı. Ancak 681 yılından sonra, İl-teriş Kağan’ın ortaya çıkması ile, yine Kök-Türk egemenliğini kabul etmek zorunda kaldılar. Bir süre Kök-Türkler’e bağımlılıkları devam eden Uygurlar, 743 yılında Kök-Türk Devleti’nin zayıflaması sonucu yeni bir fırsat daha buldular. Basmıl ve Karluk gibi Türk toplulukları ile birleşerek, son Kök-Türk kağanı OzmıĢ Kağan’ı öldürdüler ve 742-743 yıllarından sonra ise, Basmıl Türkleri’nin kağanlığı altında yeni bir devlet kurdular. Uygurlar Basmıl Kağanlığı’nın “Sol Yabgusu/ Doğu Yabgusu”; Karluklar ise, “Sağ Yabgusu/Batı Yabgusu” oldular. Bu yeni devletin yapısı bir “federal” devlet idi. 744 yılında Uygurlar’ın reisi olan Sol Yabgu, Basmıl Kağanı’nı yendi ve böylece Uygur Kağanlığı’nı kurmuş oldu. Kağanlık unvanı olarak da “Kutlug Bilge Kül Kağan” unvanını aldı. Bu unvandan da anlaşılacağı üzere, Kök-Türk Devleti’nin gelenek ve töreleri Uygur Kağanlığı’nda da devam ediyordu. Ancak Uygurlar arasında Mani ve Buda dini gibi yabancı inanışlar yayıldıkça, kağan unvanlarında da ufak değişiklikler yapılmaya başlanacaktır. İkinci Uygur kağanı olan Bayan Çur Kağan, batıdaki Kara TürgeĢ devletine de baş eğdirmişti. Öte yandan güneydeki Beş-balıg, Kuça ve Karaşar gibi, zengin tarım ve ticaret şehirlerini de Uygur egemenliği altına girmişti. Turfan ile Uygurlar arasındaki ilişkiler de, bu çağdan itibaren başlamış oluyordu. Diğer yandan Bayan Çur Kağan, gittikçe güçlenmekte olan Tibetliler’e karşı da cephe almıştı. Çin’de AnluĢan adlı bir general isyan etmiş ve Tang Sülâlesi’nin imparatoru, kendi başkentini bırakıp kaçmak zorunda kalmıştı. Çin ile birleşen Uygur Kağanı Bayan Çur Kağan, Anluşan tehlikesinin ortadan kaldırılmasına da yardım etmişti. Bu yardım sonunda yapılan antlaşma ile, Uygur tüccarlarına Çin kapıları da açılmış oldu. Uygur Kağanlığı Bayan Çur Kağan zamanında, böylece çok sağlam bir temele oturmuş oluyordu. Bayan Çur Kağan’ın Uygur başkenti Karabalgasun’da bulunan ve ġine Usu adı verilen Kök-Türk yazıları ile yazılmış Türkçe bir yazıtı da vardır. 759 yılında tahta çıkan Bögü Kağan ise, daha çok manevî alanda büyük bir atılım yapmıştı. Bir tüccar ve bezirgân dini hâline gelmiş olan Mani dininin öncüsü de, kendisi oldu. Şu gerçeği de unutmamak gereklidir: Mani dini Uygurlar’a, kültür, sanat ve ticaret tecrübeleri bakımından çok şeyler öğretmişti. Uygur kağanları aslında, Dokuz Boy, yani Dokuz Oğuzlar’ın, Yağlakar adlı soyundan geliyorlardı. Fakat bundan sonra boylar arasında rekabet başlamış, devlet içinde bu dokuz boya ve kağan ailesine karşı da güven azalmıştı. Ayrıca Bögü Kağan, Doğu Türkistan şehirleri üzerindeki Tibet baskısını da azaltamamıştı. Bu nedenle öldürülmüştü. 795-805 yılları arasında ise Uygurlar güçlenmiş ve
Tibetliler’i güneye doğru itmişlerdi. Uygurlar’ın öncülük ettikleri “Mani dini tapınakları” her yerde bir pazar ve ticaret yeri özelliklerini kazanmışlardı. Ayrıca Çin’de kurulan Mani dini tapınaklarının çoğunluğu da, yine Uygurlar tarafından kurulmuşlardı. Zamanla Uygurlar’ın Çin’deki “pazar-tapınakları”, gittikçe güçlendiler ve zenginleştiler. Böylece Uygur başkenti âdeta, uluslararası bir kültür ve ticaret merkezi hâline gelmiş oldu. 808 yılında, Uygurlar’ın başkenti Ordu-Balıg’da dikilmiş olan “Türkçe-Soğdca-Çince” yazıt, bu uluslararası ilişkilerin en güzel bir belgesidir. 840 yılında, Uygurlar’ın kuzeybatı taraflarında yaşayan Kırgız Türkleri eski müttefikleri olan Uygurlar’a karşı harekete geçtiler. 100.000 kişilik bir Kırgız ordusu Uygur başkentine bir baskın sonucu girerek Uygur kağanının altın çadırını yaktılar ve Uygurlar’a karşı acımaksızın bir katliâma giriştiler. Bunun üzerine Uygurlar, canlarını kurtarabilmek için değişik yörelere doğru kaçmak zorunda kaldılar:
- Uygurlar’ın büyük bir bölümü Çin sınırına doğru indiler. Fakat Çinliler bu felâketi, Uygurlar’ı yok etmek için çok iyi bir fırsat olarak değerlendirdiler. Bu nedenle, Uygurlar’ın bir kısmı Turfan’a doğru yönelip, kurtulmaya çalıştılar.
- Uygurlar’dan bazıları ise, eski köleleri ve tâbileri olan, Doğu’daki bazı Proto-Moğol kavimleri içinde kaldılar. Uygurlar’ın bu bölümü, sonradan Kuzey Çin’deki Hıtay yani (Liao) İmparatorluğu’nun kuruluşunda, önemli bir rol oynayacaklardır.
- Kaçan Uygurlar’dan diğer bir bölüm ise, çok güneylere, yani Çin’in batısındaki Kansu bölgesine kadar indiler. Sonradan, “Sarı-Uygurlar” adı ile anılacak bu Uygur grupları, Ġpek Yolu üzerinde yerleşmişlerdi. Bu bölgenin yerli halkının herhangi bir direnciyle karşılaşmamış olan Uygurlar varlıklarını günümüze kadar devam ettirmişlerdir. Günümüzde de Türk dilini ve kültürünü yaşatan bu Uygurlar ticarî hayatta da çok gelişmişlerdi.
Uygurların bazıları ise, batıdaki Karluk Türkleri’ne sığınmış olup bunlar hakkında çok az bilgi bulunmaktadır.
- “Turfan ve Beşbalıg Uygurları”, hiç şüphe yok ki Uygurlar’ın en önemli bölümünü oluşturmaktadırlar. Çok daha önceleri, 840 yılından, yani Orkun’daki Uygur Devleti’nin yıkılışından önceki Uygur kağanları, ticaret ve tarım merkezleri olan bu büyük Türkistan şehirlerini ele geçirmek için, büyük bir çaba harcamışlardı. Bu sebeple Uygur Devleti’nin yıkılmasından sonra Turfan dolaylarına kaçan Uygurlar için burası en güvenilir bir yer ve bölge olmuştu. 848 yılından sonra, kendilerini toparlayıp, varlıklarını komşularına kabul ettiren bu Turfan ve Beşbalıg Uygurları 856 yılında ise, bağımsızlıklarını ilân etmişlerdi. Çin idaresi ise Tibet tehlikesine karşı Uygurlar’ı desteklemeye başlamışlardı. Kültür ve medeniyet bakımından büyük gelişmeler gösterecek olan bu Uygurlar, 1335 yılına kadar kendi devletlerini devam ettirmişlerdir. Çengiz Han devletinin büyüyüp gelişmesinde de yine bu Uygurlar’ın, öncülük, bilgi ve tecrübelerinin çok büyük bir payı ve etkisi olmuştur.